भारतवर्ष मे शर्करा उत्पादन हेतु गन्ना ही मूलभूत कच्चे माल का स्रोत है, अतः गन्ने के मात्रात्मक एवं गुणात्मक विकास शर्करा के मांग की पूर्ति हेतु आवश्यक है। यह कृषि रसायन विभाग लगातार गन्ने की अधिक उत्पादन एवं अधिक शर्करा युक्त नई प्रजातियों के विकास, फार्म के मशीनीकरण एवं गन्ना उत्पादकता बढ़ाने हेतु अन्य स्रोतो पर कार्य कर रहा है। यह विभाग कृषि प्रक्षेत्र का प्रबंधन करता है जहाँ संस्थान के शर्करा प्रयोगशाला के लिए गन्ने के उत्पादन के साथ-साथ फार्म मे कृषि रसायन संबन्धित शोध परीक्षणों को किया जाता है। यह विभाग सक्रिय रूप से अन्य संभावी खाद्य सामग्री जैसे :- चुकंदर, मीठी चरी/ ज्वार, मीठा आलू/ शकरकंद आदि से एथनोल के उत्पादन हेतु कार्यरत है। विभाग विभिन्न विश्वविद्यालयों द्वारा मान्यता प्राप्त अग्रिम शोध केंद्र के रूप मे शोध कार्यों द्वारा छात्रों को पी0एच0डी0 की उपाधि प्रदान करता रहा है।
15 से ज्यादा शोध पत्र एवं समीक्षा इस विभाग के द्वारा राष्ट्रीय एवं अंतर्राष्ट्रीय मंच पर प्रकाशित।